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label-free定量蛋白质组
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非标记（Label Free）定量蛋白质组无需使用昂贵的稳定同位素标签做内部标准，通过LC-MS/MS技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量分析。
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标记定量蛋白组
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标记定量蛋白质组是基于等重标签标记进行蛋白质定量分析的技术，可对样本内蛋白质进行精确鉴定和定量，可用于筛选和寻找任何因素引起的样本之间的差异表达蛋白。常用的标记技术有TMT和iTRAQ。
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修饰蛋白质组学
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修饰蛋白组学是在蛋白修饰水平，采用不同的富集方法和质谱检测方法，对蛋白质修饰状态进行定性定量分析，获得不同处理或不同生理、病理状态下的蛋白修饰差异。
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